В 1750 году на берегу Москвы-реки в центре города на современном местоположении пруда были вырыты два водоема: больший имел прямоугольную форму, а меньший — квадратную. В ходе этих работ также был облагорожен старый пруд с островом в центре. Пруды были связаны друг с другом и с Москвой-рекой системой подземных труб. Ихтиофауна была представлена плотвой и карасём

До наших дней от этой системы дошёл лишь один водоём прямоугольной формы — это и есть Новоспасский пруд. Его площадь составляет 1,5 га, средняя глубина 2,5 метра. Питание осуществляется за счёт грунтовых и поверхностных вод.